爭議焦點：書面證據
15-a 當2019年6月論文門開始浮上檯面之際，蔡英文或總統府發言人並未馬上出面澄清，而是由若干支持者在各自的臉書中秀出她的畢業證書，蔡英文本人則是在一個月之後才親自高舉蓋有鋼印的正本。被人發現這是2015年版之後，總統府於9月4日和23日在臉書和記者會上逐一拿出1984、2010、2015年的三份畢業證書。然而三者的存在反而引發更多的質疑，如彭文正就屢屢提問：為何要大費周章向英國校方索取1984年的證書影本，不是早就存放在教育部和政大嗎？如果2010年補發的證書也不見了，可以從中選會調資料出來，還需要申請補發另一份正本來杜悠悠之口嗎？
15-b 在林環牆2019年8月公布的調查報告（頁21－23、29－30）中顯示，英國倫敦大學的學位證書只能在特殊條件下補發一次，而且產製室主管在6月12日曾向他表示，補發證書會與原件的文書、簽名完全相同。但是校方公關室於一個多月後主動與林環牆聯繫，強調相同的簽名僅限20年之內。施芳瓏亦在9月10日的臉書中提到，校方最初回覆的是有電子簽名技術後的常例。後來倫敦大學於2022年1月11日在「WhatDoTheyKnow」網站上回覆網友：2002年以後補發的證書看起來與原件完全相同（＊＊）。
15-c 2019年12月20日，林環牆於臉書貼文表示，倫敦大學有關補發學位證書的公告事項中清楚聲明，校方雖可補發一份證書，但無法提供影本；有需要的人應自行拿正本影印，再讓校方認證。學位證書產製室的人員還說明此舉是「基於安全與防範詐騙」。然而，總統府發言人9月4日的臉書上如此明白寫著：「LSE提供了1984年3月所製發的畢業證書影本。」但這份影本上既看不到原始的鋼印痕跡（＊），也未見校方事後的認證章。而在政大提供給檢方的蔡英文「學歷證明影本」清單寫著「台灣大學畢業證書、康乃爾大學畢業證書、倫敦政經學院學位證明」，但是卻出現倫敦大學的學位證書（＊＊＊）。
15-d 2010年補發證書的影本上雖然也無校方的直接認證，不過中選會表示當初蔡英文是攜帶正本登記參選的，而且有駐英台北代表處的認證：「本文件查與原（正）本相符，原（正）本業經查證屬實」。彭文正則在節目中指出，這次的外館認證作業只花了三天時間，和一般狀況迥異，而且呈現的也非專用貼紙和戳章。（＊＊＊＊＊）
15-e 至於2015年由倫敦大學特地公證過的正本學位證書，似乎不是循正常管道補發的，而且鋼印似有偽造之嫌。檢方卷證中的證書背面蓋有「937384」的序號，但是細觀蔡英文親自展示的畫面，看不出有編號的存在；而且無論是蔡英文的告證資料，或是偵查庭的勘驗記錄<註1>，都沒有提及。（＊＊＊＊＊）
<註1>檢察官黃偉的這場偵查庭是在彭文正等被告不知情的狀況下召開的，證書在當庭勘驗後便發還原告方。（＊＊）
15-f 特別是，蔡英文向國圖提供的學位證明文件不是有校長筆跡的畢業證書，而是沒有經辦者親筆簽名的口試通過和學位授予通知書，不具任何法律效力。後來發現，總統府公布的學位授予通知書還有另外兩個未附陽明山地址的版本：東吳大學早年持有的那份有經辦者簽名，起訴狀中的版本仍無簽名。此外，由司法單位轉請LSE查驗過的所有文件似乎都缺乏經辦者簽名，而倫敦大學至今都未勘驗那三份有校長簽名的證書。蔡英文一方不願主動提出有簽名的版本，被懷疑可能與迴避偽造文書的追訴期有關（＊＊＊＊＊）。
15-g 蔡英文的學籍卡影本更是爭論焦點。除了前述（13-e）討論過的需不需要資格考的問題（NO QE）和1982年11月是否因財務困難而休學（withdraw from course），尤其是第三學年起便沒有繳費註冊的記錄，也不再標明指導老師是誰，然後於一處可多次填寫的欄位第一欄寫下「Date of entry：June 83 / Result：Degree Awarded Feb 84」，都啟人疑竇。究竟1983年6月是像總統府發言人所說的提交論文日期，還是其他日期？1984年2月授予的學位是博士，還是碩士？看法莫衷一是<註2>。彭文正認為，學籍卡很可能是2011年蔡英文親自赴英調出來的，然後發覺上半年演講談到的論文題目「Safeguarding Domestic Market」是錯的，便在下半年出版的自傳中略加修改為「Unfair Trade Practices and Safeguard for Domestic Market」——仍非「Unfair trade practices and safeguard actions」（＊＊），並依據校方留存的年表來說故事。
<註2>論文題目之下、19/1/83前方的B/S Laws，總統府發言人表示是指法律研究審定委員會（Board of Studies）；但也有人猜測意指Bachelor of Science，因為英國不輕易承認外國的碩士學歷，必須補唸學士課程（＊＊＊）。
15-h 學者們還把目光移向其他可能的書面證據。徐永泰在2019年12月7日美西的一場演講中透露，LSE信息管理部負責人已明確向他表示法律系沒有蔡英文的論文口試相關記錄；資訊與紀錄經理和學校秘書長也先後指出LSE並未持有相關資料，但是校方人士依然透露了不合常理的口試日期（1983年10月16日，星期天）和考官身分（兩位LSE法律系教師，皆非研究國際貿易法），並表示檔案中心保有的蔡英文學生檔案高達278 頁。目前，倫敦大學表示早年的口試相關資料通常由轄下各學院保存，校本部僅持有其畢業生姓名、論文題目、學位授予日期，LSE也否認持有蔡英文的博士論文口試委員名單與審查報告（＊＊＊＊＊）。
15-i 另外，林環牆於2020年1月8日在臉書指出：倫敦大學總圖未曾從校外口試委員那兒收到應繳回的論文原版<註3>。根據ICO在2020年6月11日的報告，倫敦大學表示校方持有一份論文審查報告影本和論文版權提交表格，因此推測蔡英文的論文是因為圖書館內部重整而不知所蹤<註4>。直到2022年1月11日，倫敦大學的相關單位才在「WhatDoTheyKnow」網站上明確承認，由於當年並無口試委員提供蔡英文的論文，所以沒有被發表；但是2月3日又發布官網聲明：蔡英文在兩位考官提交和審查其論文之後，於1984年2月取得博士學位；至於論文是否存放於大學圖書館，不影響學位的授予。（＊＊＊＊＊）
<註3>口試之後，考官會向圖書館遞交批改過的原始論文和意見書，然後通知博士候選人進行最後定稿；若是僅需小幅度修訂，必須在三個月內完成，再由口試委員進行核可、並通知校方最終結果；而在兩份合格論文繳交給倫敦大學的研究所考試辦公室（Research Degrees Examinations office）之前，並不會授予學位。然而根據2011年蔡英文拜訪LSE之後啟動的調查顯示，授予學位後曾以長達一年半的時間去催促口試委員和指導老師交出審閱本，但無下文。（＊＊＊＊＊）
<註4>英國資訊專員辦公室（ICO）表示，基於蔡英文的論文已公開、當年的索引資料上也有所記載、以及倫敦大學聲稱擁有其口試記錄這三點，並無必要公開口試委員的身份。然而由於這些皆可找到反駁論據，麥可•理查森表示，必須對包括個人資訊的官方記錄進行驗證，才能防止學術欺詐，不能輕信校方的公關說法。後來ICO又增加三項理由替蔡英文背書：當年的畢業生名單、2019年LSE的官網聲明、以及台灣檢方對彭文正提起公訴，然而其中也是疑點重重。（＊＊＊＊＊）
15-j 總統府發言人在9月23日的記者會中曾提到一頁頁論文手稿之外，還有其他年代的翻印本存在。但是蔡英文指導過的學生幾乎都只是參考她的中文期刊論述，目前只發現1987年的孫玉文引用過她1983年的「博士論文」（＊）<註5>。除此之外，僅有臉書刪文的學者姚孟昌、還有最早舉薦蔡英文的前大法官劉鐵錚表示看過論文。
<註5>彭文正參考《童溫層》的圖表，表示不排除1987年的論文資料是1983－1986中文期刊內容英譯而成。特別值得注意的是，所有博士論文的印製日期都必須以正式取得學位的時間為準，絕不可能是完成手稿、或口試答辯通過的日期。（＊＊＊＊＊）
15-k 經由司法系統取得的早期資料中還可發現，1983年5月的「留學生回國服務申請登記表」內，蔡英文即將發表的博士論文題目中文翻譯有誤；1984年9月填寫的政大「教師資格審查履歷表」上，她竟把早已定稿的題目改成Law of Subsidies, Dumping and Market Safeguards<註6>；另外在同一月份政大法律系「提請新聘教師單」所填的著作清單中，缺乏應已發表的博士論文，另以三份中文期刊論文充數。這些再再都令人懷疑當年取得學位的合格論文是否真實存在。（＊＊＊＊＊）
<註6>總統府發言人張惇涵承認這是蔡英文論文中第二部分的標題，但辯稱這部分已占了論文的絕大篇幅（＊＊）。
15-l 根據獨立調查團體UK Watchdog（英國守望犬）透過資訊自由法而取得的大量電郵可知，大英圖書館與LSE相關人士在2019年曾試圖包庇「有學位、無論文」的蔡英文，例如利用大英圖書館2015年才登錄的書目來證明論文早在35年前就存在，並且閉口不談倫大總圖將論文移交給IALS的時間點是在2011年，甚至打算利用2019年首次出現的個人版本來結束爭議。LSE不但讓總統府協助草擬校方聲明，還聯手混淆倫敦大學和LSE的權責分配，向台灣司法人員提供來源不明的口委名單。另外，UK Watchdog還找出 LSE同期生的學生檔案來對照，發現蔡英文withdraw之後走的流程迥異於他人；而在調查1980年代英國數所知名大學的情況後，已確認並無類似蔡英文未註冊而能考試畢業的特例。（＊＊＊＊＊）
15-m 蔡英文陣營雖然一方面表示求證LSE校方是唯一且正確的管道，另一方面卻將LSE透露的口試日期延後一天至星期一，口試委員名單則在兩位LSE教師之外又添加「印象中」的一名校外學者，甚至把1987年倫敦大學認證函上「經過研究學程和提交論文題目後便授予博士學位」一句中的「題目」略而不譯。目前LSE校方已正式否認持有蔡英文的博士論文口試委員姓名與審查報告，倫敦大學也公開表示當年她的論文並沒有被發表，再加上多有證據偽造、機關護航之嫌，因此目前質疑一方認為「論文門」業已破案，呼籲總統下台。（＊＊＊＊＊）
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參考資料來源
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— 2019.12.23，政經關不了（YT）
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— 2019.08.29，林環牆（PDF）：獨立調查報告：蔡英文博士論文與証書的真偽（可利用林環牆臉書進行連結）
— 2019.09.12，《新頭殼》：蔡英文學歷風波 前LSE台灣研究計畫室主任：隱射LSE是野雞大學嗎？
— 2022年1月11日「WhatDoTheyKnow」網站資料 https://www.whatdotheyknow.com/request/questions_about_the_replacement / 2022.01.27，政經關不了（YT）
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— 倫敦大學官網 https://london.ac.uk/ways-study/study-campus-london/student-services-and-support/requesting-a-transcript#how-to-request-certified-copies-of-certificates-1042（請見How to request certified copies of certificates）
— 2019.12.22，《中時》：獲LSE證實？旅美學者再爆論文門驚人進展！
— 2019.09.04，總統府發言人（FB）
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— 2020.01.04，《中時》：蔡畢業證書認證 彭文正再爆3大疑點
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— 2019.11.13，《中時》：論文門有人挺英後刪文？林環牆點名他心虛
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